原子力显微镜能够在溶液中观察生物大分子的结构，并可达到纳米级分辨率。能够在近生理的环境中对生物样品的活性过程进行跟踪观察。原子力显微镜在蛋白质研究的应用有如下内容：

　　1.根据原子力显微镜的技术特点,在此基础上,对电镜、核磁共振、X射线晶体衍射和原子力显微镜在生物研究领域中的应用进行比较。

　　2.原子力显微镜在膜蛋白结构研究和蛋白质积聚、解聚研究中的应用，通过对*的变种菌中的具有光驱动质子泵功能的功能膜-紫红膜的结构进行研究,获得了紫红膜中的类菌紫质蛋白分子在膜上形成二维有序排列的高分辨率图像，并分析实验结果。

　　3.利用了原子力显微镜可获得高分辨率图像的优势,充分发挥了它能够在液体中对生物样品的活性过程进行跟踪观察的特点,从多个方面对与包括帕金森病在内的多种神经退行性疾病相关研究。